Fernando Gómez entró a formar parte del Valencia CF el 25 de julio de 2008. Ese día Vicente Soriano le nombró vicepresidente y asumió la parcela deportiva. Por tanto, el ex futbolista ha estado en el cargo durante casi dos años, aunque con la llegada de Llorente ya pasó de ser vicepresidente a consejero y director deportivo.

Su etapa al frente de la parcela deportiva del Valencia ha estado marcada por la escasez de dinero para poder fichar. Su fichaje más caro ha sido el meta Miguel Ángel Moyà, por el que se pagó al Mallorca casi 5 millones de euros. Luego, en el escalafón, le sigue el reciente fichaje del turco Mehmet Topal. Además, a coste cero llegaron los Dealbert, Bruno, Mathieu, César, Chori Domínguez, Ricardo Costa, y Feghouli. También fue fichado durante su mandato el brasileño Thiago Carleto.

Esto en lo que a entradas se refiere. Buena parte de su trabajo ha consistido en intentar dar salida a un buen número de jugadores con altas fichas, para así aliviar un tanto la delicada economía del club.

El despido de Fernando ha sido tan inesperado que hoy mismo estaba cerrando la cesión de Renan al Internacional de Porto Alegre.