| Partidos perdidos con Mauricio Pellegrino como entrenador en la temporada 2012-2013 |
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| Fecha | Competición | En | Rival | Res | Árbitro | Estadio |
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| 01.12.2012 | Primera División | Casa | Real Sociedad | 2 - 5 | Clos Gómez | Mestalla |
| 24.11.2012 | Primera División | Fuera | Málaga CF | 0 - 4 | Muñiz Fernández | La Rosaleda |
| 27.10.2012 | Primera División | Fuera | Real Betis | 0 - 1 | Hernández Hernández | Benito Villamarín |
| 07.10.2012 | Primera División | Fuera | Levante UD | 0 - 1 | Del Cerro Grande | Ciudad de Valencia |
| 23.09.2012 | Primera División | Fuera | RCD Mallorca | 0 - 2 | Álvarez Izquierdo | Son Moix |
| 19.09.2012 | Champions League | Fuera | Bayern Munich | 1 - 2 | Firat Aydinus | Allianz Arena |
| 02.09.2012 | Primera División | Fuera | FC Barcelona | 0 - 1 | Pérez Lasa | Camp Nou |
| 11.08.2012 | Pretemporada | Fuera | Eintracht Frankfurt | 2 - 4 | Viktor Kassai | Commerzbank Arena |