Éver Banega es el tercero de cinco hermanos: Luciano, César, Brian, Emiliano y él mismo. Comenzó a jugar a futbol en la escuela futbolística para niños Alianza Sport de Rosario. El partido de mayor rivalidad del club era el disputado contra el Grandoli donde en aquella época jugaba Lionel Messi. A la edad de 12 años comenzó en las categorías inferiores en la sexta de Boca en la posición mediocentro defensivo. En 2006 Alfio Basile se percató de su habilidad y le permitió entrenar con el primer equipo al cual se sumó un año después con Russo.

Debutó en la primera división argentina el sábado 10 de febrero de 2007 por la primera fecha del Torneo Clausura 2007 argentino contra Banfield, partido que terminó con la victoria de Boca por 4-0. Previamente, disputó el Campeonato Sudamericano Sub-20 de 2007 celebrado en Paraguay. La Selección de fútbol de Argentina obtuvo el segundo puesto del torneo por detrás de Brasil, logrando la clasificación al Mundial Sub-20 de Canadá de 2007 y a los Juegos Olímpicos de Pekín 2008. En esa competición sufrió una pequeña lesión, pero pudo jugar la fase final del torneo. El periodismo deportivo lo suele considerar como el sucesor de Fernando Gago en Boca.

Debutó en competiciones internacionales de clubes el 14 de febrero en la Copa Libertadores contra el Bolívar de Bolivia, el partido acabó 0 a 0. El 24 de febrero fue expulsado a los 15 minutos del segundo tiempo en el partido contra Independiente, Boca salió vencedor por 3-1. Éver se ganó un puesto en el equipo de Russo, desplazando a Sebastián Battaglia, y jugando junto a jugadores con experiencia como Martín Palermo, Rodrigo Palacio y Juan Román Riquelme.

El 15 de abril jugó su primer partido Boca Juniors - River Plate, que terminó empatado a un gol. El juvenil de Boca venía rindiendo en gran nivel. Contra River no se lució aunque tampoco fue malo su partido. Se esperaba más en la mitad de cancha. Robo muchos balones, pero no logró adueñarse del mediocampo. El 20 de junio se consagró con su club campeón de la Copa Libertadores 2007, jugando las finales contra el Gremio con los resultados 3-0 y 2-0 a favor de Boca.

A principios del año 2008, el Valencia Club de Fútbol, de la liga española, obtuvo su traspaso por 18 millones de € para el nuevo proyecto de Ronald Koeman. El propio Éver reconoce que llegar a Europa, y además en un club como el Valencia CF, es lo que siempre había soñado. Tras este joven futbolista, también estaban equipos como la Juventus de Turín, el Atlético de Madrid o el Real Madrid, que tenía una opción preferencial sobre el jugador que no ejerció. [Resumir]