Juanjo Juárez se formó como defensa en la cantera del Valencia CF tras haber destacado en las categorías infereiores del Gandía. Forjado a fuego en el Mestalla de Tercera de principios de los años 80, se convirtió en un zaguero sólido y fiable, capaz de mantener la concentración durante los 90 minutos de juego sin cometer apenas errores. Sabedor de sus características técnicas, no solía complicarse la vida y gracias a su fotaleza física y su buen posicionamiento sobre el campo, cumplía con la misión asignada conforme a las expectativas. Como al resto de jugadores de su generación, le tocó vivir la época más complicada de la historia del club, viéndose obligado a tirar del carro junto a sus compañeros de promoción.

Había debutado en Primera a los 22 años, en partido el famoso partido de Liga contra el Espanyol durante la huelga de futbolistas del 9 de septiembre de 1984. La temporada siguiente ascendió al primer equipo y le tocó vivir la pesadilla del descenso, en una plantilla que no estaba preparada para tal envite. Se mantuvo en el equipo durante la dura travesía por la Segunda División y aún aguantó un curso más en primera, asumiendo su condición de suplente de Voro y Giner con una profesionalidad admirable. Juárez terminó participando en 37 partidos oficiales con la camiseta del Valencia CF hasta 1988, 22 de ellos como titular, hasta que en 1988 fichó por el Recreativo de Huelva, justo la temporada en la que había completado su mejor racha como titular.

El defensa valenciano llegó al club andaluz con 26 años, permaneciendo allí dos campañas en Segunda División, disputando un total de 65 encuentros en los que marcó sus primeros 3 goles como jugador profesional. Marchó al Albacete de Benito Floro en el verano de 1990, convirtiéndose en uno de los puntales del histórico «queso mecánico» que logró el ascenso en 1991 y la séptima posición en Primera en 1992. Durante esa dulce etapa jugó 69 partidos oficiales, anotando 3 goles. La marcha del técnico asturiano al Real Madrid provocó su baja, y Juárez fichó por el Real Murcia, con el que disputó 29 partidos y marcó 4 goles en Segunda B. Después pasó por el Villarreal de Segunda antes de fichar por el Gandía, club de su localidad natal, donde se retiró en el verano de 1997.