| Goles marcados por Rubén Baraja en la temporada 2003-2004 |
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| Fecha | Competición | En | Rival | Goles | Árbitro | Estadio |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 02.09.2003 | Primera División | Fuera | CA Osasuna | 1 | Rodríguez Santiago | El Sadar |
| 19.10.2003 | Primera División | Casa | RCD Espanyol | 1 | Medina Cantalejo | Mestalla |
| 07.10.2003 | Copa del Rey | Fuera | CD Castellón | 2 | Téllez Sánchez | Nuevo Castalia |
| 09.11.2003 | Primera División | Casa | Racing de Santander | 1 | Pérez Lasa | Mestalla |
| 11.12.2003 | Copa de la UEFA | Neutral | Maccabi Haifa | 1 | Eric Braamhaar | Eneco Stadion |
| 04.01.2004 | Primera División | Casa | Villarreal CF | 2 | Tristante Oliva | Mestalla |
| 07.01.2004 | Copa del Rey | Casa | CA Osasuna | 1 | Rubinos Pérez | Mestalla |
| 21.03.2004 | Primera División | Casa | RCD Mallorca | 1 | Téllez Sánchez | Mestalla |
| 08.04.2004 | Copa de la UEFA | Fuera | Girondins de Burdeos | 1 | Michael Riley | Chaban Delmas |
| 02.05.2004 | Primera División | Casa | Real Betis | 1 | González Vázquez | Mestalla |
| 09.05.2004 | Primera División | Fuera | Sevilla FC | 1 | Puentes Leira | Sánchez Pizjuán |
| 03.08.2003 | Pretemporada | Fuera | CS Chenois | 1 | Philippe Leuba | Trois-Chene |