| Goles marcados por Rubén Baraja en la temporada 2005-2006 |
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| Fecha | Competición | En | Rival | Goles | Árbitro | Estadio |
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| 23.10.2005 | Primera División | Fuera | Real Madrid | 1 | Daudén Ibáñez | Santiago Bernabéu |
| 22.03.2006 | Primera División | Casa | Villarreal CF | 1 | Fernández Borbalán | Mestalla |
| 16.04.2006 | Primera División | Casa | RCD Espanyol | 1 | González Vázquez | Mestalla |
| 30.04.2006 | Primera División | Casa | Deportivo Alavés | 1 | Velasco Carballo | Mestalla |