| Goles marcados por Rubén Baraja en la temporada 2006-2007 |
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| Fecha | Competición | En | Rival | Goles | Árbitro | Estadio |
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| 20.07.2006 | Pretemporada | Neutral | Fenerbahçe SK | 1 | Kevin Blom | Sportpark Mulderssingel |
| 29.07.2006 | Pretemporada | Casa | Charlton Athletic | 1 | Mateu Lahoz | Mestalla |
| 09.06.2007 | Primera División | Fuera | Levante UD | 1 | Clos Gómez | Ciudad de Valencia |