| Goles marcados por Rubén Baraja en la temporada 2008-2009 |
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| Fecha | Competición | En | Rival | Goles | Árbitro | Estadio |
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| 08.10.2008 | Amistoso | Fuera | UD Alzira | 1 | Mateo Valero | Luis Suñer Picó |
| 27.11.2008 | Copa de la UEFA | Fuera | Rosenborg BK | 1 | Kevin Blom | Lerkendal |
| 30.11.2008 | Primera División | Casa | Real Betis | 1 | Velasco Carballo | Mestalla |
| 10.01.2009 | Primera División | Casa | Villarreal CF | 1 | Medina Cantalejo | Mestalla |
| 21.01.2009 | Copa del Rey | Casa | Sevilla FC | 1 | Undiano Mallenco | Mestalla |
| 09.05.2009 | Primera División | Casa | Real Madrid | 1 | Iturralde González | Mestalla |