| Goles marcados por Fernando Morientes en la temporada 2008-2009 |
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| Fecha | Competición | En | Rival | Goles | Árbitro | Estadio |
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| 24.08.2008 | Supercopa de España | Fuera | Real Madrid | 1 | Iturralde González | Santiago Bernabéu |
| 18.09.2008 | Copa de la UEFA | Fuera | CS Marítimo | 1 | Claudio Circhetta | Dos Barreiros |
| 29.10.2008 | Copa del Rey | Fuera | Portugalete | 2 | Pérez Burrull | Lasesarre |
| 06.11.2008 | Copa de la UEFA | Casa | FC Copenhague | 1 | Knut Kircher | Mestalla |
| 17.12.2008 | Copa de la UEFA | Fuera | Saint-Etienne | 1 | Alexandru Deaconu | Geoffroy-Guichard |
| 18.01.2009 | Primera División | Fuera | Athletic de Bilbao | 1 | Megía Dávila | San Mamés |