Juan Bernat llegó al Valencia en el año 2000, con sólo 7 años de edad. Pasó por todas las categorias inferiores del equipo valencianista, desde el futbol 7 hasta el Mestalla. En la temporada 2011/2012 realizó la pretemporada con el primer equipo, debutando oficialmente en el primer partido de Liga contra el Racing de Santander, el 27 de agosto de 2011.