Se necesitaba mejorar la clasificación de la temporada anterior (14), puesto que la afición estaba molesta con el equipo porque apoyaba mucho al Valencia y no recibían alegrías por los malos resultados que estaban cosechando. Aunque lógicamente el Valencia necesitaba un tiempo para afianzarse en la división que hacia escasamente tres años había recuperado, y la directiva lo hizo poco a poco. La cara en el plano deportivo se dió con un tercer puesto en la liga, con la consiguiente clasificación para la Copa de la UEFA, y la victoria en el Trofeo Naranja. La cruz se dio en la copa con una participación desastrosa, disputando tan solo una eliminatoria. En el plano económico, el club seguía cosechando campañas con superávit. La anterior (87/88) se cerró con un beneficio de casi 250 millones de pesetas. El 23 de Septiembre se presentó, en la junta general ordinaria, el presupuesto para la actual campaña, que ascendía a más de 960 millones esperando un superávit de más de 80 millones de pesetas. La mayor parte de ingresos se deberían a la aportación de la afición que seguía incondicional con su equipo. Para esta temporada en el Valencia causaron baja: Madjer, García Pérez, Montes, Navajas, Cotino y Juárez. Y las nuevas incorporaciones fueron Zurdi, Eloy y Flores procedentes del Sporting de Gijón, el último de origen mejicano vino con grandes esperanzas pero tan solo consiguió tres goles en la actual campaña. Sin embargo Eloy, un español de 26 años, con muy buenas referencias tuvo mejor éxito marcando 8 goles y demostrando ser un diablillo en el ataque valencianista. También se reforzó con Ochotorena que fue la gran revelación de la liga llegando a llevarse el trofeo Zamora. Y para dirigir todo esto se llamó a Víctor Espárrago, el cual dotó al equipo de garra y lucha. Este año el Valencia se llevó el Trofeo Naranja. Sus contrincantes fueron el Vasco Da Gama y el Oporto, a los cuáles ganó por un marcador idéntico, 2-0, marcando Fernando y Flores los goles en el primer encuentro al equipo brasileño, y de nuevo Flores y Alcañiz en el segundo partido frente a los portugueses.
Campeonato Nacional de Liga
El Valencia había conseguido reunir un bloque muy sólido sin estrellas pero con gente muy trabajadora. En este equipo destacaba Fernando por su depurada técnica que ya se había convertido en la estrella del valencianismo. La defensa era expléndida con jugadores como Bossio, Camarasa, Voro y Giner dirigidos por el gran capitán Arias. Estos fueron prácticamente los artífices que consiguieron el tercer lugar en la clasificación y el regreso a Europa. La liga comenzó con un empate entre el Valencia y el Zaragoza en campo aragonés el 4 de Septiembre. Después siguió con una racha irregular en cuanto a los marcadores, característica que continuó hasta el final de la temporada donde el Valencia apretó el acelerador donde ganó diez partidos de 16 y empató en cuatro ocasiones, perdiendo dos, uno de ellos la última jornada en campo del Real Madrid por 2-1. El Valencia fue junto con el Barcelona el equipo menos goleado de la liga y quedó en el puesto 10 en lo que se refiere a conjuntos goleadores. Solo se perdieron 7 encuentros de los 38 que se disputaron, dos de ellos en casa. El Valencia marcó 39 goles, y los goleadores en esta temporada fueron: Fernando (14 goles), Eloy (8 goles), Alcañiz, Arroyo (4 goles), Lucho Flores (3 goles), Voro, Giner, Nando, Subirats, Jon García, Zurdi (1 gol). En la competición liguera, ésta fue la clasificación final:
Un año más, el Valencia en Copa, un desastre. Solo consiguió disputar una eliminatoria. Un equipo de Segunda División bastó para apear al Valencia de la Copa del Rey, el Racing de Santander en la primera eliminatoria, y para mas vergüenza nos eliminó en nuestro campo, ante nuestra afición y por un despiste en la defensa valencianista ante una falta que debía sacar el ataque santanderino. El partido de ida se disputó en el Sardinero, el 25 de Enero de 1989, y terminó como empezó, empate a cero. En el Luis Casanova, el 1 de Febrero, el Valencia se adelantó por dos veces en el marcador con goles de Flores y Fernando, pero el Santander consiguió empatar en las dos ocasiones. A veinte minutos del final, cuando el Valencia intentaba organizar una barrera que no se había solicitado, Pedraza consiguió anotar el segundo gol en su cuenta particular. Este gol fue el que resolvió la eliminatoria a favor del Racing de Santander. A esperar a otro año.