Esta temporada comenzó con un fichaje estrella, Pedja Mijatovic, procedente del Partizán de Belgrado. Mijatovic se convirtió poco a poco en ídolo de toda la afición valencianista, y en uno de los mejores jugadores de los últimos años. La afición le brindó su cariño y su apoyo en los momentos difíciles, pero años después, Mijatovic devolvió el favor a la afición fichando de forma muy polémica por el Real Madrid. También se unieron al club valencianista: Etxarri (del Tomelloso), Serer (del RCD Mallorca), Gálvez (del RCD Mallorca), Pizzi (del Tenerife), Matías Rubio (del CD Mestalla), Benito (del CD Mestalla), Diego Ribera (del CD Mestalla), Roberto García (del CD Mestalla), Aristizabal (del Atlético Nacional Medellin) y Javi Navarro (del CD Mestalla). Y tambien hubieron bajas: Sánchez, Voro, Leonardo y Falagán. El Valencia también alineó a jugadores del filial en partidos no oficiales: Pellicer, Raúl, Matías, Blas Candela, Medina, Melo, Dasí, Cañizares, Moret, Sergio, Victor, Notario, Vázquez, Simón, Cases e Ibañez Carceller. La temporada comenzó con la presentación del equipo el 27 de Julio, durante la cual, gran parte de los congregados en el Luis Casanova pidió la dimisión del presidente. El primer partido del Trofeo Naranja, el 18 de Agosto, no reunió a mas de 6.000 espectadores en el Luis Casanova pese a enfrentarse el Valencia al Feyenoord. El resultado fue 5-1 con goles de Mijatovic, Arroyo, Belo, Penev, y Gálvez. El partido del día siguiente fue Werder Bremen contra Feyenoord con resultado de 5-1. El último partido enfrentó al Valencia y al Werder Bremen que finalizó con empate a cero. El Valencia ganó su Trofeo en la tanda de penalties, dicho sea de paso, con todo merecimiento. Además del Naranja, el Valencia jugó otra serie de trofeos amistosos, como el Ciudad de Mallorca (campeón), Ciudad de Castellón, Ciudad de la Línea (campeón), Ciudad de Pamplona, 80 aniversario de la inauguración de San Mamés (campeón), Trofeo 9 D´octubre (campeón), Concha Donostia y Liga autonómica, esta última al finalizar la temporada liguera. La Liga comenzó muy bien para luego empezar a fallar y a bajar posiciones, desde la de lider de las primeras jornadas hasta llegar al puesto 14º, terminado la competición en el séptimo puesto. Quiza esta Liga podria llamarse la de los entrenadores al pasar por nuestro equipo hasta cinco. Guus Hiddink cesado en la jornada 11ª, Paco Real cesado tras la jornada 16ª, Hector Núñez cesado tras la jornada 27ª, al llegar el nuevo presidente. Rielo solo entrenó al equipo para dos partidos, tras los cuales volvió Hiddink. La llegada de la Copa del Rey no supuso ninguna alegria para el Valencia ya que este fue eliminado en la primera eliminatoria ante el Tenerife. Y en UEFA se eliminó al Nantes y llegó la famosa eliminatoria contra el Karlsruher alemán. Todos sabemos como acabó. El Valencia se presentó en Alemania como líder de la Liga Española, y con un 3-1 a su favor, pero perdió por 7-0. A raiz de este resultado, los acontecimientos se precipitaron en Mestalla, con el cese del entrenador, la dimisión del presidente y un año muy oscuro en la historia del Valencianismo. La presidencia del club tambien sufrió cambios la temporada. Empezó con Arturo Tuzón como presidente, pero presentó su dimisión el 24 de Noviembre, siendo nombrado presidente durante 105 días Melchor Hoyos hasta que llegaron las elecciones, el 9 de Marzo, donde fue elegido como nuevo presidente Francisco Roig Alfonso.
Campeonato Nacional de Liga
La Liga comenzó con inmejorable pie para el Valencia que en las jornadas 3ª y 4ª fue lider de la misma, para volverlo a recuperar en la 9ª. A continuación llegó la gran derrota de la UEFA y con ella los malos resultados en la Liga. Hiddink fue cesado como entrenador, tras la jornada undécima en la que el Real Madrid ganó al Valencia 0-3 y su lugar lo ocupó Paco Real, ganando su primer partido como entrenador contra el Sevilla 0-1. Pero Real sólo dirigió cuatro partidos más, en los cuales no volvió a conseguir otra victoria, destacando el 0-4 que hizo el Barcelona en el Luis Casanova. Por cierto, en este partido Camarasa tuvo que jugar de portero por la expulsión de Sempere. El ex-valencianista Héctor Núñez sustituyó a Real en el banquillo y se encontró con la baja de Roberto y la gravísima lesión de Penev en un entrenamiento que le apartó del equipo a partir de la jornada 23. Tampoco Núñez supo levantar al Valencia y fue sustituido por Rielo en la jornada 28, venciendo en Vigo por 1-2. Rielo se hizo cargo del equipo provisionalmente durante dos jornadas y con dos victorias. Con Francisco Roig en la presidencia, volvió Guus Hiddink que dirigió su primer partido en el Bernabeu, aunque con una derrota por 3-2. En este partido debutó el goleador Aristizabal que fue fichado a final de temporada para ayudar al equipo. Pero, no consiguió ni un solo gol en Liga. Solo materializó un gol en un amisotoso, y de penalti. Y en la última jornada de Liga, el Valencia fue decisivo para concretar el campeón de Liga. El guardameta González paró el famoso penalty al deportivista Djukic, que dió la Liga al Barcelona en el último minuto de la competición. Este partido fue muy polémico, ya que el Valencia CF no se jugaba nada, excepto su orgullo claro. El Valencia empató y esto provocó que el Deportivo perdiera la Liga en el último instante. Años después, Djukic ficharía por el Valencia. Así es el fútbol. Al final de la temporada se consiguió el puesto 7º. Una Liga en la que el Valencia jugó mal, encajó 50 goles y marcó 55. Durante esta temporada Pizzi consiguió el gol 3.000 del Valencia en Liga en el partido Valladolid 1 - Valencia 1. En esta temporada, marcaron los goles para el Valencia: Mijatovic (16 goles), Fernando (14 goles), Penev y Quique (5 goles), Pizzi (4 goles), Gálvez y Arroyo (3 goles), Mendieta (2 goles), Eloy, Ibáñez y Camarasa (1 gol). En la competición liguera, ésta fue la clasificación final:
En la Copa del Rey, el Valencia también consiguió un rotundo fracaso al ser eliminado en la primera eliminatoria frente al Tenerife. El equipo, entonces entrenado por Héctor Núñez, se enfrentó a los canarios en Tenerife, el cinco de Enero de 1994, en el primer partido. El Valencia perdió 3-1, tras dos goles de Chano y uno de Latorre por parte tinerfeña y Mijatovic, desde fuera del área, por parte del Valencia. El partido de vuelta se disputó en el Luis Casanova el 12 de Enero. El Valencia formaba con: González, Quique, Serer, Camarasa, Giner (Ibáñez), Belodedici, Eloy (Arroyo), Mijatovic, Penev, Fernando y Gálvez. Pero el Valencia ganó con un insuficiente 3-2, a pesar de llegar al descanso con el 2-0 en el marcador. Pero el Tenerife remontó, consiguiendo el 3-2 definitivo en el último minuto de juego. Chano volvió a marcar dos goles al Valencia. Los goles valencianistas fueron obra de Gálvez, Penev y Serer.
Fue en esta temporada donde el Valencia recibió el mayor palo europeo de su historia. Fue en Alemania, en Karlsruhe. Todavía hoy a la afición del Valencia se le encoge el corazón al escuchar el nombre de este club alemán. Uno de los episodios más tristes y trágicos de la historia de nuestro Valencia. La primera eliminatoria de la Copa de la UEFA, enfrentó al Valencia y al Nantes francés. El primer partido se disputó en Francia el 16 de Septiembre de 1993 y, tras un reñido encuentro, terminó con empate a un gol. Mijatovic consiguió el gol del Valencia. En el partido de vuelta, disputado en el Luis Casanova el 31 de Septiembre, el Valencia y el Nantes empataron a un gol. El gol valencianista fue obra de Penev al transformar un penalty de Karembeu a Arroyo. Se disputó la prorroga donde el Valencia, por medio de Gálvez y Fernando, consiguió clasificarse para la siguiente ronda, al conseguir imponerse por 3-1. En la segunda ronda, el Karlsruher. Nadie se imaginaba la catástrofe y menos después del primer partido disputado en Valencia, el 20 de Octubre de 1993, donde el Valencia se impuso a los alemanes por 3-1. El equipo viajó a Alemania con un marcador a favor y con el liderato de la Liga española. Toda Valencia pensaba en el pase a la siguiente ronda. El partido se disputó el 3 de Noviembre de 1993 y el Valencia perdió por 7-0. Fue un verdadero palo para el equipo y para la afición. Era la derrota más dura que había sufrido nunca en competición europea. Además solo había pasado un año de los cinco goles de Fonseca. A partir de la eliminación del Valencia en la Copa de la UEFA, el Valencia no volvió a ser el mismo. No levantó cabez en toda la temporada y llegaron los malos resultados ligueros.