Filipe Augusto constituye uno de los casos más llamativos de la historia del Valencia CF. Representado por Jorge Mendes y firmado a petición expresa del técnico portugués Nuno Espírito Santo, que había sido entrenador suyo en el Río Ave, llegó al Valencia como cedido en septiembre de 2014 sin que nadie acabara de explicarse su llegada. Participó sólo en 10 encuentros, 4 de ellos como titular, y aportó una asistencia. Se marchó tal y como vino, sin que apenas nadie le echara en falta y dejando tras de sí la duda de la causa real que había propiciado su llegada.

El centrocampista portugués había comenzado su carrera deportiva en la cantera del Esporte Clube Bahia, donde entró a los 16 años llegando a debutar en 2012 con el primer equipo gracias al técnico Paulo Roberto Falcão, el 29 de febrero de 2012, frente al Camaçari en el Campeonato Baiano. El 18 de junio de 2012, a los 18 años de edad, fichó por el Rio Ave de la Primera División de Portugal a cambio de 2,2 millones de euros, debutando el 18 de agosto frente al Marítimo. A las órdenes de Nuno, logró dos años consecutivos la permanencia en la máxima categoría lusa, logrando el subcampeonato de la Copa de Portugal y de la Copa de la Liga.

Con esa interesante carta de presentación había llegado Filipe a Mestalla y casi sin oportunidades regresó a Portugal, iniciando la Liga con Rio Ave (2 partidos) antes de marchar cedido al Braga, donde tuvo más minutos pero tampoco logró regularidad, participando en un total de 18 encuentros. En el verano de 2016 volvió de nuevo al Río Ave, donde, tras superar una lesión, consiguió disfrutar de regularidad y logró anotar dos goles en sus dos primeros encuentros. Pasó a ser titular indiscutible (8 partidos) hasta que el último día del mercado de invierno fichó por el SL Benfica, club con el que disputó 10 partidos en su primera campaña (conquistando la Liga de Portugal) y 11 en la segunda. Pero ante la falta de regularidad, en enero de 2018 se acuerda su cesión hasta final de temporada al Alanyaspor de Turquía, donde tampoco tuvo continuidad. En enero de 2019 regresó nuevamente al Rio Ave.