Manuel Mestre era el hijo mayor de Manolo Mestre, legendario jugador y entrenador del Valencia CF, y hermano de José Enrique Mestre, a quien una grave lesión mientras jugaba en el Mallorca truncó su carrera futbolística. Criado en la cantera valencianista como interior izquierdo, ascendió al Mestalla donde destacó por su técnica y precisión en el pase. Dio el salto al primer equipo en la temporada 1981-1982 y, aunque había debutado en mayo de 1981 en un partido amistoso en Villarreal, su estreno en partido oficial tuvo lugar en la 32ª jornada de Liga contra el Atlético de Madrid en el Manzanares. Sólo jugó 8 minutos, al entrar como reemplazo de César Ferrando, y ya no volvió a jugar más con los mayores a excepción de un amistoso en Alcoy a finales de 1982.

Manuel no había heredado las características futbolísticas de su progenitor y consciente de sus limitaciones y de su falta de oportunidades, marchó para jugar con el Alzira, que en aquella época era uno de los equipos punteros del Grupo VI de la Tercera División. No llegó a dedicarse profesionalmente al fútbol, y prefirió centrarse en finalizar sus estudios en la Universidad de Derecho. Se afincó en Valencia, dedicándose a la banca.