Nacido en la localidad guipuzcoana de Rentería, Ignacio Goyeneche se formó como futbolista en las categorías inferiores del Touring Kirol Elkartea, equipo fundado en 1923 que se había convertido en una de las señas principales de su localidad natal. Su progresión como defensa derecho fue meteórica, llamando pronto la atención de los ojeadores regionales, hasta que en el verano de 1932 fue fichado por el Donostia Foot-ball Club, actual Real Sociedad de San Sebastián, completando tres campañas a un altísimo nivel, llegando a ser convocado con la selección española por Amadeo García Salazar el 18 de marzo de 1934, en partido de clasificación para la Copa del Mundo de Italia disputado en Lisboa contra Portugal, aunque no llegó a debutar.

En julio de 1953, tras haber disputado un total de 56 partidos en Primera División, y tras haber consumado el descenso a Segunda del conjunto donostiarra, Goyeneche decide aceptar una oferta del Hércules de Alicante para continuar compitiendo en la máxima categoría. Bajo las órdenes del técnico vizcaíno Manuel Suárez de Begoña, el lateral disputa un total de 14 partidos de Liga, pero como a muchos otros deportistas, la explosión de la Guerra Civil corta de forma drástica su progresión. Finalizado el conflicto bélico, retoma la actividad futbolística en el Levante y la Gimnástica de Burgos, hasta que en 1943 el Valencia lo recupera para su primer equipo. Sin embargo, Goyeneche llegó a Mestalla bajo de forma, por lo que apenas tuvo contó para Eduardo Cubells, que no llegó a alinearle en ningún partido de la victoriosa Liga del 44. Paso dos cursos casi sabáticos como valencianista, interviniendo sólo en algunos amistosos y en una eliminatoria ya resuelta de Copa contra el Jerez, el 21 de enero 1945, en la que, además, se lesionó. Finalizada la campaña, ya con 32 años, decidió finalizar su carrera deportiva.