Criado en la cantera del Olimpic de Xàtiva, club de su ciudad natal, Bernabé Ballester pasó por todas las categorías inferiores mientras el equipo profesional vivía el mayor apogeo de su historia alcanzando la Segunda División. Brillante en el Olímpic, fue descubierto por los cazatalentos del Real Madrid, que lo ficharon para el equipo filial en 1997, coincidiendo con el entrenador Vicente del Bosque, cuando sólo tenía quince años. Durante las cuatro temporadas en las que permaneció en el club madrileño, fue convocado por la selección nacional sub-15 y sub-16, llegando a participar en la Eurocopa de 1999. Se ganó un puesto en el tercer equipo en 2001, y en el segundo un año después. Sin embargo, no pudo tener la suficiente continuidad debido a las lesiones, y finalmente el club blanco decide prescindir de sus servicios.

En el verano de 2002, a los veinte años de edad, ficha por el Valencia, para jugar con el equipo filial, que milita en la Segunda División B. Llega a jugar 30 partidos por temporada y asciende hasta convertirse en capitán del equipo, pero su buen rendimiento no es suficiente para impulsar su carrera como defensa en el primer equipo, donde Mauricio Pellegrino y Roberto Ayala imponen su ley. Pese a todo, llega a debutar con el primer equipo el 27 de abril de 2005, en un partido amistoso disputado en Villajoyosa.

La falta de opciones con el Valencia CF le hacen decidir, en el verano de 2007, emigrar a Bélgica para fichar por el Mouscron. Allí permanece dos temporadas con grandes dificultades, debido principalmente a las lesiones. El club se mantiene durante su estancia en mitad de la tabla y conoce dos cambios de entrenadores, y en la dos temporadas Ballester juega sólo ocho veces, por lo que en 2009 quedó libre al no renovar su contrato, y decidió volver a casa, fichando por el Alcoyano en julio de 2009. Bernabé disputa 57 partidos oficiales con el equipo alicantino, marcando además un gol, y logrando el ascenso a la categoría de plata en 2011.

Es entonces cuando ficha por el Gandía, con el que participa en 34 partidos de la Segunda B. Tras el descenso del equipo de La Safor, firma por dos temporadas con el Ontinyent, completando 61 apariciones en las que anota tres goles. En el verano de 2014 ficha por el Real Avilés, marcando 3 goles en 33 encuentros. En el verano de 2015, regresa a su pueblo natal para volver a unirse a la disciplina del Olímpic de Xàtiva.