Mario Prado comenzó a jugar como portero en la Agrupación Deportiva Cerro de Reyes de su ciudad natal, Badajoz. En el verano de 2004, fue fichado por el Mestalla para reforzar la portería del equipo filial valencianista. El joven guardameta de 18 años tuvo la oportunidad de debutar con el primer equipo al finalizar la campaña, cuando el técnico Antonio López le alineó durante 45 minutos en un partido amistoso contra el Alcoyano disputado en El Collao el 2 de junio de 2005.

Una vez finalizado su contrato pasó por diversos equipos como Burriana, Pego, Lorqui, Onda, Sporting Villanueva y Jerez CF, donde colgó las botas en 2013 para dedicarse a su actividad profesional como policía local en Badajoz.