José María Merino nació en la localidad valenciana de Casinos y se formó en las categorías inferiores del Valencia CF, destacando como delantero por su capacidad goleadora desde muy joven. Llegó al Mestalla en la temporada 1998-1999, debutando a los 19 años bajo las órdenes de José Manuel Rielo el 29 de agosto de 1998 en la primera jornada de Liga contra el Benidorm. Aquella temporada completó 27 partidos en Segunda División B y logró debutar con el primer equipo de la mano de Claudio Ranieri, participando en dos amistosos contra el Elche, el 15 de diciembre de 1998, y contra el Anderlecht, el 12 de enero de 1999. La temporada siguiente marchó cedido al Castellón para continuar con su progresión, completando 21 encuentros en la categoría de bronce en los que, sin embargo, no logró estrenarse como goleador.

En el verano de 2001 regresó al Mestalla, permaneciendo dos cursos bajo las órdenes de César Ferrando y Voro. Jugó 52 partidos en el filial anotando 15 goles. Finalizada la campaña, José María firmó con el Hércules de Alicante, club con el que jugó 66 partidos entre 2003 y 2005, logrando el subcampeonato de Segunda B y el ascenso a Segunda División en su segundo año. No llegó a debutar en la categoría de plata, ya que tras el ascenso fichó por el Benidorm, de Segunda B, participando en un total de 51 encuentros de Liga. En 2007 marchó al Ontinyent, donde jugó 26 encuentros antes de firmar por el Club Deportivo Denia, donde completó 22 partidos en la temporada 2008-2009. La campaña siguiente la disputó con el Fútbol Club Jove Español de San Vicente del Raspeig, club con el que colgó las botas en 2010, a los 30 años de edad.