El Valencia disputó la primera final de la temporada, la Supercopa de España, ya que se había proclamado Campeón de la Copa del Rey la temporada anterior. La Supercopa de España, un trofeo algo devaluado, pero que al fin y al cabo, es uno de los tres títulos oficiales a nivel nacional, lo disputaron el Campeón de Copa, el Valencia, y el campeón de liga, el FC Barcelona.
El partido de ida se disputó en el Camp de Mestalla, en Valencia, el 8 de Agosto de 1999, en una noche muy calurosa en pleno verano. El Valencia se impuso al Barcelona en un partido algo aburrido por 1-0, y dió un paso importante para proclamarse campeón de la Supercopa. Claudio López, uno de los jugadores más carismáticos de finales de los 90 volvió a ser decisivo, y marcó el gol de la victoria a falta de cuatro minutos para el final, al rematar con un buen cabezazo picado un gran pase de Angulo desde la banda derecha. El delirio se apoderó de las gradas de Mestalla, que todavía tenían frescas en la mente las inolvidables imágenes de la final de Copa en Sevilla. La alineación que presentó el Valencia en este partido fue: Cañizares, Anglomá, Djukic, Bjorklund, Carboni (sustituido por Fagiani), Albelda, Mendieta, Farinós (sustituido por Oscar), Angulo, Claudio López y Adrian Ilie (sustituido por Juan Sánchez).
El partido de vuelta se jugó en el Camp Nou, en Barcelona, el 16 de Agosto de 1999. La espectación era máxima, teniendo en cuenta la devaluación de este trofeo, jugado en fechas muy intempestivas, y al estadio azulgrana acudieron más de 60.000 espectadores. El Valencia presentó una alineación de lujo: Cañizares, Angloma, Djukic, Bjorklund, Carboni, Angulo (sustituido por Gerard), Albelda, Farinós, Mendieta, Juan Sánchez (sustituido por Kily González) y Claudio López.
El partido fue vibrante desde el primer minuto. El Barcelona se adelantó en el marcador con un gol de Kluivert en el minuto 14, al rematar de cabeza un córner. Casi sin tiempo para celebraciones, Albelda fusiló a Hesp con la pierna derecha un balón perdido en el área tras sacarse un córner, llevando el empate al marcador. En el minuto 21, Ronald de Boer Remata de cabeza un córner tras tocar Kluivert, ante la pasividad de la defensa, poniendo el 2-1 en el marcador. El Valencia tardó en reaccionar, pero en el minuto 53 Sánchez consiguió el empate al culminar una magnífica jugada de Carboni desde la banda izquierda. En el minuto 62, Kluivert volvía a adelantar al FC Barcelona al rematar de cabeza un pase de Guardiola. Pero el Valencia siguió luchando, y tres minutos después Farinós batió a Hesp con un gran disparo, tras una gran jugada de Kily y un pase de Claudio López.
Terminó este emocionante partido con el resultado final de 3-3. El Valencia había conseguido el único título nacional que le faltaba en sus vitrinas, la Supercopa de España. Los jugadores celebraron este triunfo en el incomparable marco del Estadio del Camp Nou, ante la admiración de los aficionados culés que ya se estaban empezando a acostumbrar a ver ganar al Valencia en su estadio.