Geoffrey Kondogbia inicia su carrera como futbolista en el modesto Nandy, club cercano a su localidad natal, a la edad de 6 años. Allí comenzó pronto a despuntar por sus cualidades físicas y técnicas, y cuatro años después, en 2003, a los 10 años de edad, fichó por el Sénart-Moissy Cremayel. Pero pocos meses después, el Racing Club Lens se fija en su progresión y lo ficha para su equipo de juveniles. En abril de 2010 firma su primer contrato como profesional y debuta con el primer equipo en Primera División en noviembre de ese mismo año. La temporada 2011-2012 la juega en Segunda División con el Lens, pero su buen rendimiento en los 32 partidos disputados como titular no pasa desapercibido para los grandes equipos.

Es el Sevilla el club que, en julio de 2012, paga 4 millones de euros por el fichaje del mediocentro francés. 40 partidos oficiales con el equipo andaluz son suficientes para que el Mónaco, en el verano de 2013, pague la claúsula de rescisión (20 millones de euros) y se haga con los servicios del jugador. Kondogbia permanece en el equipo francés durante dos temporadas, en las que disputa 64 partidos oficiales y marca tres goles. En su primera temporada, ayuda a que el equipo termine segundo en la Liga y vuelva a la Champions League una década después.

El 20 de junio de 2015 se hace oficial su fichaje por el Inter de Milán, por un montante de unos 35 millones de euros. Dos temporadas después, Kondogbia ha disputado 82 partidos oficiales, marcando cuatro goles, y consolidándose como mediocentro defensivo en el conjunto italiano. A nivel internacional, Kondogbia había formado parte de todas las categorías de la selección de Francia. Su debut con la selección absoluta fue el 14 de agosto del 2013 en un empate sin goles contra Bélgica. En el verano de 2017, con la llegada de Marcelino al Valencia, y ante la necesidad de contratar un mediocentro defensivo de garantías, Kondogbia llega al conjunto de Mestalla en calidad de cedido, con una opción de compra no obligatoria de unos 25 millones de euros. En su primera temporada con el equipo valencianista, el mediocentro se convierte en un referente en el centro del campo y en una pieza fundamental del equipo para lograr la clasificación para la Champions League, disputando un total de 35 partidos oficiales en los que marca 4 goles.