Cordobés de nacimiento, Rafael Santacruz comenzó a destacar como defensa en el filial del Real Valladolid, lo que le llevó a incorporarse al filial del Valencia, el Mestalla, en la campaña 2004-2005, donde llegó incluso a debutar con el primer equipo jugando de titular en un choque ante el Málaga, correspondiente a la 31ª jornada de Primera División. Durante esa temporada disputó 25 partidos y consiguió dos tantos con el filial blanquinegro.

Al año siguiente el Real Madrid le fichó, pero se quedó en el tercer equipo. sin embargo hizo un temporadon y la temporada siguiente dió el salto al Castilla, aunque ese año no fue tan bonito como él pensaba, disputó 17 partidos y el Castilla descendió. A los 24 años de edad, el Real Madrid decidió prescindir de sus servicios, y en la temporada 2007-2008 ficha por el Ceuta, de la Segunda División B, donde realizó una buena campaña, con 29 partidos y un gol marcado.

En la temporada 2008-2009 el Linares se hizo con sus servicios y, a pesar de que él fue el jefe de la zaga y se apuntó un gran año (32 partidos y 4 goles), el Linares descendió a Tercera. En verano de 2009 apostó por el Conquense, donde de nuevo cumplió con 28 partidos y 3 tantos, lo cual le abrió las puertas en julio de 2010 al Albacete Balompié, llegando a un acuerdo con club manchego hasta junio de 2012. Pero sin llegar a disputar un solo minuto, marcha cedido al Hospitalet, donde se quedó a las puertas de disputar el play-off de ascenso a Segunda.

La temporada siguiente, vuelve a salir cedido, esta vez al CD Puertollano de Ciudad Real. En verano de 2012, decide firmar por el CD Pozoblanco y la temporada siguiente por el Lucena, con el que logra dos goles en 63 partidos en las dos temporadas en las que permaneció. En el verano de 2015 cambia de equipo para jugar con el Ciudad de Lucena y en 2016 llega libre al Club Deportivo Pozoblanco de Córdoba.