Juan Bernat llegó al Valencia en el año 2000, cuando tan sólo tenía 7 años. Pasó por todas las categorias inferiores hasta llegar al Mestalla, siguiendo una meteórica trayectoria que le permitió debutar con el primer equipo a los 17 años, el 27 de mayo de 2011, en un partido amistoso disputado en Alzira. La temporada siguiente fue ascendido al Mestalla y realizó la pretemporada con el primer equipo bajo las órdenes de Unai Emery, disputando siete amistosos, incluyendo el Trofeo Naranja, en los que marcó dos goles y se convirtió en el jugador revelación del equipo.

El jugador se ganó la confianza del técnico vasco y, espoleado por las excepcionales críticas periodísticas, debutó oficialmente en el primer partido de Liga jugado en Mestalla contra el Racing de Santander, el 27 de agosto de 2011. Sin embargo, tras ese debut, Bernat pasa al ostracismo y no vuelve a jugar con el primer equipo hasta enero de 2012, alternando convocatorias entre el Valencia y el filial, dirigido por Vicente Mir. Al final, el canterano disputa un total de 10 partidos oficiales con el Valencia, entre Liga, Copa y Europa League, en esa campaña, y 24 con el Mestalla, marcando 6 goles con el filial.

La temporada siguiente, Bernat tampoco cuenta en exceso para el nuevo técnico argentino, Mauricio Pellegrino. Sin embargo, con la llegada de Ernesto Valverde, empieza a contar como titular, realizando excepcionales partidos y finalizando la temporada con 15 partidos oficiales y un gol marcado en la Copa del Rey.
Para la temporada 2013-2014, el Valencia no contaba con ningún lateral izquierdo específico, por lo que el técnico Miroslav Djukic reconvirtió a Bernat desde el extremo izquierdo al esta posición. Ese fue el año de su consagración ya que, pese al cambio de entrenador y la llegada de Juan Antonio Pizzi, Bernat se ganó la titularidad en la defensa del conjunto valencianista gracias a su sacrificio y velocidad por la banda. Con sólo 21 años, Bernat disputó un total de 49 partidos oficiales, marcando dos goles.

Su excelente trayectoria y su gran campaña, llamaron la atención de Pep Guardiola, entrenador del Bayern de Munich, que impuso al club alemán su fichaje. El 7 de julio de 2014, el conjunto alemán anunció su contratación por cinco temporadas a cambio de 12 millones de euros. En su primera temporada en el equipo de Baviera, Bernat se convierte en titular indiscutible, participando en 31 partidos de Liga y 12 de Champions, marcando un gol. Además, es convocado con la selección española, debutando con gol el 12 de octubre de 2014, en partido de clasificación para la Eurocopa en Luxemburgo.