La temporada se iniciaba con muchas incertidumbres tras un verano muy caliente en el que la secretaría técnica no había atendido ninguna de las peticiones del entrenador. Muchos jugadores se van cedidos, Kily González es traspasado, pero los fichajes no complacen a los aficionados ni al técnico. El día de la presentación del equipo en Mestalla, Benítez es ovacionado mientras que el presidente del Valencia, Jaime Ortí, es abucheado y apenas puede hablar. Con este clima de tensiones se iniciaba una temporada que acabaría siendo histórica.
Fue un ex equipo de Rafa Benítez, el Valladolid, el primero al que entrenó en Primera y del que fue destituido precisamente tras un partido contra el Valencia, el que que oscureció en parte el debut che en esta Liga 2003-04. Aimar salvó en parte los muebles y la cosa acabó en empate a un gol. Otro ex del técnico, Osasuna, permitió adivinar que los del Turia, tras el irregular año anterior, iban en serio. El 0-1 en Pamplona marcó el punto de inflexión para un equipo que encadenó cuatro victorias seguidas, tres de ellas ante enemigos de la talla de Atlético de Madrid (0-3), Real Madrid (2-0) y Barcelona (0-1).
Especialmente significativo fue el triunfo en Mestalla ante los llamados 'galácticos' del Real Madrid. Tras un partido a cara de perro, el Madrid acabó rebozado por la tierra, gracias a los goles de Mista y Oliveira. Al final, 2-0 y la alegría de todo el valencianismo. El liderato ya se había obtenido una jornada anterior, después de una contundente victoria en el Vicente Calderón (0-3). En el Camp Nou, mientras, las rotaciones empezaban a salirle de maravilla a Rafa Benítez. Ricardo Oliveira se enfundaba la zamarra de titular y marcaba el gol que noqueaba al Barcelona (0-1). Una impresionante trayectoria a la que puso fin el Deportivo en Riazor un par de semanas después. Los de Jabo Irureta se llevaron al partido por 2-1 y hacían sembrar las dudas en el equipo. La Liga no iba a ser un paseo.
Con el Celta no se pudo en casa (2-2), el Racing sorprendió en Mestalla (1-2) y el Murcia también puso las cosas muy dificiles en su campo (2-2). La montaña rusa de una temporada se volvía a cruzar en el camino che tras el partido en La Condomina y, en el siguiente, contra el Zaragoza, su sumaban los tres puntos (3-2). El equipo se aplicó en labores defensivas y sólo tres goles recibidos valieron siete partidos invictos y muchos puntos. Con la victoria en Albacete (0-1) en el último partido de la primera vuelta, el Valencia CF conseguía el título de campeón de invierno, pese a que en el siguiente partido en Valladolid, no se lograba pasar del empate sin goles. Osasuna, en Mestalla, puso fin a la racha (0-1).
Tras los pamplonicas vendría otra ración de platos fuertes. El Valencia se impuso con facilidad al Atlético de Madrid (3-0) una semana antes de uno de los partidos cruciales de la temporada. El equipo ché visitaba el Santiago Bernabéu sabiendo que una victoria le colocaría como líder. El Valencia jugó un partido sensacional y logró adelantarse en el marcador gracias a un gol de cabeza de Ayala. El partido estaba a punto de concluir, cuando el colegiado, Tristante Oliva, señaló un inexistente penalti de Marchena a Raúl en el descuento. Figo no perdonó y la cosa acabó 1-1. El injusto empate dejó tocados a los de Benítez, que cedieron dos partidos seguidos. El Barça ganó en Mestalla (0-1) y el Espanyol, en Montjuïc (2-1).
La Liga se complicaba, puesto que el Real Madrid estaba ya a ocho puntos de distancia y desde la prensa nacional ya casi se les catalogaba como campeones. Pero el equipo, ayudado por los éxitos de la UEFA, sacó fuerzas de flaqueza y se impuso con claridad al Deportivo (3-0). Entonces se inició el despegue. Las victorias empezaron a sucederse al mismo ritmo que aumentaban los batacazos del Madrid. Mientras los merengues decían adiós a la Copa y a la Champions, con su repercusión moral en la Liga, los che encadenaban seis victorias consecutivas hasta recuperar el liderato con una meritoria victoria en Zaragoza (0-1), mientras el Real Madrid era vapuleado por Osasuna en el Bernabéu. Sólo Real Sociedad (2-2) y Athletic (1-1) resistieron la fuerza del Valencia que, pese a estos dos empates, mantuvo el liderato. Menos oposición tuvieron los de Benítez con los dos últimos obstáculos hacia el título. El 2 de Mayo el Valencia derrotaba al Real Betis bajo una intensa lluvia (2-0) y aumentaba su distancia respecto al Real Madrid.
Entonces llegó la jornada definitiva. El 9 de Mayo de 2004 el Valencia disputaba un partido histórico en el Sanchez Pizjuán de Sevilla. Real Madrid y FC Barcelona habían perdido el día anterior frente al Mallorca y el Celta, respectivamente. Una victoria permitiría al Valencia cantar el alirón dos jornadas antes del final de la competición. Al equipo ché no le pudo la presión y realizó un magnífico encuentro en el que se impuso (0-2) con goles de Vicente y Baraja. La alegría se desbordó entre los miles de aficionados que habían viajado hasta la capital hispalense para ver a su equipo proclamarse campeón por sexta vez. Los jugadores lo celebraron por todo lo alto, y al dia siguiente fueron recibidos en la capital del Túria por miles de aficionados que ovacionaron a los jugadores en su pase triunfal a bordo de un autobús descapotable por toda la ciudad. Los festejos se alargaron durante todo el día por la ciudad, el equipo ofreció el título a la Virgen de los Desamparados, y celebró con su afición el triunfo en el balcón del Ayuntamiento, antes de dirigirse a Mestalla, donde más de 50.000 aficionados esperaban ansiosos la celebración del título.
El día 23 de Mayo, tras finalizar el último partido de liga en Mestalla frente al Albacete, el presidente de la Federación Española de Fútbol hizo entrega del la Copa de campeones de Liga al Valencia. Cuando Albelda y Baraja levantaron el trofeo, el sueño se hizo realidad. El Valencia CF había conseguido un doblete por primera vez en la historia y ofrecía a su afición las copas de la Liga y la UEFA en una noche que se prolongó en una multitudinaria fiesta con música, fuegos artificiales y toda clase de celebraciones. Fue la culminación a una temporada inolvidable.