La década de los años 30 fue la de la consolidación del Valencia en la élite del fútbol nacional, una consolidación que se vio truncada por la Guerra Civil. Tras dos temporadas consecutivas quedando en mitad de tabla en la temporada 1930-31 consiguió de la mano del entrenador checoslovaco Anton Fivber su ascenso a la Primera División. Pese al ascenso el equipo siguió participando en el Campeonato Regional hasta 1939 saliendo campeón en cinco ocasiones más.
Su primera final copera la viviría en 1934, bajo las órdenes del técnico inglés Jack Greenwell. El adversario, el Real Madrid de Ricardo Zamora, Quincoces y Samitier entre otros. El encuentro disputado el 6 de mayo de 1934 en Montjuich desplazó a 12.000 valencianistas a la ciudad condal que no pudieron ver como su equipo se alzaba con el trofeo de Copa, pese a adelantarse en el marcador, puesto que perdió la final por 2-1.
Dos años después, en 1936, se inició la Guerra Civil Española suspendiéndose el Campeonato Nacional de Liga. El Valencia disputó el Campeonato de Levante, el cual ganó, y la Liga Mediterránea clasificándose al quedar entre los cuatro primeros para disputar la Copa de la España Libre. Tras superar en la liguilla clasificatoria a Girona FC y CE Español se enfrentó en Barcelona en la final al Levante FC perdiendo por 1-0.
Tras la Guerra Civil el campo de Mestalla quedó arrasado, el comandante Alfredo Giménez Buesa fue nombrado presidente, con Lluis Casanova en la vicepresidencia. Ante el estado de Mestalla se decidió reconstruirlo y el 18 de junio de 1939 se disputó el primer partido de la posguerra, el encuentro enfrentó al Recuperación de Levante y Osasuna de Pamplona con resultado de 3-0. Al día siguiente jugó el Valencia FC contra Osasuna empatando a 4 goles. Las obras se aprovecharon para remodelar y ampliar la capacidad del mismo hasta los 22.000 espectadores. A su vez el caos económico tras la guerra forzó la desaparición de las secciones deportivas, medida tomada en 1940.